新疆生产建设兵团总医院始建于1953年，1982年正式命名为新疆生产建设兵团医院。医院位于乌鲁木齐市青年路232号，东临优美的住宿胜地“日月星光花园”，西临超市好家乡，南临首府著名学府兵团二中，北临三星级宾馆五星大厦，是兵团位于乌鲁木齐市单一一家“三级甲等医院”。目前，医院占地面积35886平方米，建筑面积89212.45平方米，已经发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的综合性医院。
新疆生产建设兵团总医院是兵团卫生系统医疗、教学、科研的中心及医疗卫生人才培养的基地之一，编制床位500张。医院现有专业技术人员448人，获得国务院政府津贴的专家5人，教授、副教授38名，高级职称99人，中级职称199人，硕士生导师6人。
新疆生产建设兵团总医院设有30多个临床、医技科室和20多个专科门诊检查、治疗处室，是石河子大学医学院第二附属医院、新疆医科大学教学医院、国家“残疾孤儿手术康复明天计划”定点医院。至2007年底，医院固定资产达1.99亿元。
新疆生产建设兵团总医院设备先进，拥有飞利浦1.5T磁共振、16排螺旋CT机、德国西门子大型C臂X光机、瑞典金宝血液透析机、意大利大型数字减影机、美国GEDR机、美国GE骨密度扫描仪、美国GE彩超、日本岛津数字遥控透视胃肠机、美国GE钼靶乳腺机、美国超声乳化仪、美国LASERSCOPE绿激光、美国科医人钬激光、日本奥林巴斯电子腹腔镜、内窥镜、流式细胞仪、美国罗氏E170全自动电化学发光分析仪、日本奥林巴斯2700全自动生化仪、美国雅培五分类血液分析仪、美国贝克曼全自动血凝分析仪、德国徕卡CM1900冷冻切片机、强生V950干式生化分析仪、德国人工心肺机、西诺德口腔全景机等医疗设备近千台，其中万元以上的设备250多台。
新疆生产建设兵团总医院设有中国肢体残疾康复中心新疆分中心、自治区小儿麻痹矫治中心、自治区弱视力康复中心、兵团关节病治疗中心、兵团临床检验中心、兵团假肢中心、兵团口腔病防治中心、神经疾病诊治及康复训练中心、骨科中心等。
新疆生产建设兵团总医院坚持科技兴院，着眼于长远发展，科研工作得到了长足的进步。近年来，医院在国内外刊物上发表学术论文600余篇，参加国际学术会议20余次，开展新技术、新项目300多项，获得国家、自治区及兵团科技成果一、二、三等奖共40项，并设立了“兵团医院科研基金”和“兵团医院青年科研基金”项目。
经过多年不懈的努力，新疆生产建设兵团总医院的骨科中心、泌尿外科、心血管内科、神经内科等一批重点学科得到了迅速发展。医院与北京海军总医院联合开展了机器人脑立体定向手术、干细胞移植术，与武汉兰丁肿瘤检测中心合作开展了DNA早期肿瘤诊断检测项目。
同时，新疆生产建设兵团总医院开展的主动脉夹层支架植入术、肝脏肿瘤射频治疗、阴式微创手术—非脱垂子宫阴式切除术、绿激光治疗前列腺增生、经皮肺穿刺术、等离子体低温组织消融术及髋、膝关节置换术、超声乳化加晶体植入术治疗白内障、特色中医肛肠疾病的治疗、小儿麻痹矫治手术、冠状动脉搭桥术、心脏起搏器植入术、心脏瓣膜置换术、冠状动脉造影术、冠状动脉支架置入术、射频消融术、房间膈缺损封堵术、经尿道镜气压弹道碎石术、腹腔镜下交通支静脉结扎术、椎间盘镜微创治疗腰椎间盘突出症手术、骨科显微外科重建创伤性神经瘫、神经束游离移植术、关节置换术、鼻窦内窥镜手术等技术处于区内或国内先进水平。
为了拓展业务技能，提升医院的综合竞争力，近年来，医院不断邀请北京医院、宣武医院、北京积水潭医院、北京广安门医院、北京中日友好医院、北京阜外心血管病医院、北京海军总医院、上海新华医院、山东省立医院、上海九院、宁波市人民医院等地的医疗专家来医院讲学、查房、手术。并与北京医院、北京中日友好医院、北京广安门医院、北京阜外心血管病医院、宣武医院、北京海军总医院、山东省立医院建立了长期协作关系。
2006年，新疆生产建设兵团总医院提出了“打造优质服务品牌”的目标，并通过开展“争当服务明星，争创群众满意医院”的优质服务创建活动，为患者提供了便捷、优质、高效的规范化服务，得到社会各界的普遍赞扬。2007年是医院的“科技创新年”，科研教学、新技术、新项目工作成绩突出，仅新技术就有26项，医院总收入突破了亿元大关。2008年，医院将紧紧围绕建立“质量效益型医院”和“创建学习型医院”两大主题，开拓创新，抓质量，促效益，求发展，为兵团乃至全国的医疗卫生事业积极努力。
为了给患者创造良好的就医环境，医院于2004年建成了3000多平方米的急诊大楼。2006年，在国家、兵团的大力支持下，医院又投资1.15个亿兴建了面积为34692平方米的17层综合医疗大楼。这座医疗大楼集医疗、医技、外科住院部为一体，实现了物流自动化、管理信息化、信息处理数字化，是目前兵团医疗卫生系统单位建筑面积少有、单体投资最多的项目。
新疆生产建设兵团总医院领导班子始终以科学发展观统筹全局，全面落实党的十七大精神，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，按照“认准目标、注重质量、促进效益、狠抓落实”的工作思路，紧紧围绕“以病人为中心”，大力拓宽以“真情”感动患者、以“创新”提升综合竞争能力的品牌服务意识。
新疆生产建设兵团总医院先后获全国扶残助残先进单位，全国残疾人三项康复工作先进单位，全国三甲医院感染工作先进单位，自治区、兵团、乌市医疗保险先进单位，自治区药品价格定点监测先进单位，兵团、乌市文明单位等荣誉称号。
新疆生产建设兵团总医院将始终恪守“救死扶伤”的人道主义办院宗旨，努力打造一支人民满意的德技双馨的医疗技术队伍，为构建医患和谐的“平安医院”，为构建社会主义和谐社会做出积极努力。